Có một số thuyết về nguồn gốc của ngô tại Trung Mỹ:

1. Ngô là sản phẩm thuần dưỡng trực tiếp từ cỏ ngô (Zea mays ssp. parviglumis) một năm ở Trung Mỹ, có nguồn gốc từ khu vực thung lũng sông Balsas ở miền nam México, với tối đa khoảng 12% vật chất gen của nó thu được từ Zea mays ssp. mexicana thông qua xâm nhập gen.
2. Ngô sinh ra từ quá trình lai ghép giữa ngô đã thuần hóa nhỏ (dạng thay đổi không đáng kể của ngô dại) với cỏ ngô thuộc đoạn Luxuriantes, có thể là Z. luxurians hoặc Z. diploperennis.
3. Ngô trải qua 2 hay nhiều lần thuần dưỡng của ngô dại hay cỏ ngô.
4. Ngô tiến hóa từ quá trình lai ghép của Z. diploperennis với Tripsacum dactyloides. (Thuật ngữ cỏ ngô ở đây chỉ tất cả các loài và phân loài trong chi Zea, ngoại trừ Zea mays ssp. mays.) Vào cuối thập niên 1930, Paul Mangelsdorf cho rằng ngô thuần dưỡng là kết quả của lai ghép giữa ngô dại mà con người không biết rõ với loài trong chi Tripsacum, một chi có họ hàng gần. Tuy nhiên, vai trò được đề xuất của Tripsacum (cỏ gama) trong nguồn gốc của ngô đã bị phân tích gen hiện đại bác bỏ, qua đỏ phủ nhận mô hình của Mangelsdorf và thuyết thứ tư trên đây.

Mô hình thứ ba (thực ra là một nhóm các giả thuyết) không được hỗ trợ[cần dẫn nguồn]. Mô hình thứ hai giải thích chi li nhiều câu hỏi hóc búa nhưng nó là quá phức tạp[cần dẫn nguồn]. Mô hình thứ nhất do George Beadle (một nhà khoa học đoạt giải Nobel) năm 1939. Mặc dù nó có hỗ trợ từ thực nghiệm, nhưng nó không thể giải thích một loạt các vấn đề, trong số đó có:

1. Sự đa dạng lớn các loài trong nhánh Zea đã phát sinh như thế nào,
2. Các mẫu khảo cổ họcnhỏ xíu trong giai đoạn 3500–2700 TCN (chưa sửa chữa) có thể được chọn lựa từ cỏ ngô như thế nào, và
3. Quá trình thuần dưỡng có thể được diễn ra mà không để lại các dấu tích của cỏ ngô hay ngô với các đặc điểm dạng cỏ ngô cho tới tận khoảng 1100 TCN như thế nào.

Quá trình thuần dưỡng ngô là đáng chú ý đối với các nhà nghiên cứu—bao gồm các nhà khảo cổ, nhà di truyền học, nhà thực vật dân tộc học, nhà địa lý học v.v. Quá trình này được một số người cho là đã bắt đầu vào khoảng năm 5.500 tới 10.000 TCN (đã điều chỉnh theo các dao động Mặt Trời). Chứng cứ di truyền học gần đây cho rằng quá trình thuần dưỡng ngô diễn ra vào khoảng năm 7000 TCN tại miền trung Mexico, có thể trong khu vực cao nguyên nằm giữa Oaxaca và Jalisco[9]. Cỏ ngô hoang dại gần giống nhất với ngô ngày nay vẫn còn mọc trong lưu vực sông Balsas. Các dấu tích khảo cổ của các bắp ngô có sớm nhất, được tìm thấy tại hang Guila Naquitz trong thung lũng Oaxaca, có niên đại vào khoảng năm 4.250 TCN (đã điều chỉnh; 3.450 TCN là chưa điều chỉnh); các bắp ngô cổ nhất trong các hang động gần Tehuacan, Puebla, có niên đại vào khoảng 2750 TCN. Có rất ít thay đổi diễn ra đối với hình dạng bắp ngô cho tới khoảng 1100 TCN khi các thay đổi lớn diễn ra trên các bắp ngô trong các hang động tại Mexico: sự đa dạng của ngô tăng lên nhanh chóng.

Có lẽ sớm nhất khoảng năm 1500 TCN, ngô bắt đầu phổ biến rộng và nhanh. Khi nó được du nhập vào các nền văn hóa mới, các công dụng mới cũng phát triển và các thứ mới đã được chọn lọc để phục vụ tốt hơn cho các công dụng này. Ngô là lương thực chính của phần lớn các nền văn hóa tiền Columbus tại Bắc Mỹ, Trung Mỹ, Nam Mỹ và khu vực Caribe. Các nền văn minh Trung Mỹ đã được tăng cường sức mạnh nhờ vào ngô; nhờ việc thu hoạch nó, nhờ tầm quan trọng về mặt tôn giáo và linh hồn của nó cũng như ảnh hưởng của nó đối với khẩu phần ăn uống của họ. Ngô tạo ra sự đồng nhất của người dân Trung Mỹ. Trong thiên niên kỷ 1, việc gieo trồng ngô đã lan rộng từ México vào tây nam Hoa Kỳ và khoảng một thiên niên kỷ sau vào đông bắc nước này cũng như đông nam Canada, làm biến đổi cảnh quan các vùng đất này do thổ dân châu Mỹ đã dọn sạch nhiều diện tích rừng và đồng cỏ cho loại cây trồng mới này.

Một điều vẫn chưa rõ là quá trình thuần dưỡng ngô ngưng tụ lại được gì, do phần ăn được của các thứ hoang dại là quá nhỏ và khó để có thể ăn trực tiếp, do mỗi hạt được bao bọc trong các vỏ hai mảnh rất cứng. Tuy nhiên, George Beadle đã chứng minh rằng các hạt của cỏ ngô là dễ dàng "trương nở" để con người sử dụng, tương tự như ngô để làm bỏng ngô ngày nay. Một số người lại tranh cãi rằng nó đã phải mất quá nhiều thế hệ nhân giống chọn lọc nhằm sản sinh các bắp ngô lớn để có thể gieo trồng có hiệu quả. Tuy nhiên, các nghiên cứu về các giống lai ghép dễ dàng thực hiện nhờ lai ghép chéo của cỏ ngô và ngô hiện đại cho thấy lý do phản đối này là không đủ cơ sở vững chắc.

Năm 2005, nghiên cứu của Cục Lâm nghiệp Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ chỉ ra rằng sự gia tăng trong gieo trồng ngô vào khoảng 500 tới 1.000 năm trước tại đông nam Hoa Kỳ góp phần vào sự suy giảm của các loài trai, hến nước ngọt, là các loài rất nhạy cảm đối với các thay đổi môi trường[10]